事实上，从2000年至今的十几年时间里，肥料登记管理这项旨在规范行业、服务“三农”的制度，一直在化肥行业尤其是复混肥行业里饱受争议。
2001年初，国内许多复混肥企业就对农业部根据这一《肥料登记管理办法》要求复混肥生产企业办理登记而纷纷向有关协会、部门反映情况。复混肥企业深感该《办法》的不合理性，不仅造成市场流通混乱、企业负担加重，而且助长了地方保护主义，不利于化肥生产流通体制的改革。对此，复混肥企业纷纷强烈要求农业部尽快修改对复混肥进行登记管理的规定。
2001年8月，在《办法》执行一年多的时候，中国磷肥工业协会以内参的形式向有关部委、领导反映，《办法》存在着法规制度的不严密性、实施过程中的不可操作性，加重了企业负担，影响了企业生产和产品营销，增加了复混肥成本，不利于减轻农民负担，并建议尽快修改《办法》。
2004年7月1日随着《中华人民共和国行政许可法》的颁布实施，随着国家这一“大法”的出台，农业部关于肥料登记的“小法”再次成为关注焦点，取消《办法》的呼声也越来越高。
2009年，反对声、建议声、取消的呼声伴随着《办法》一路走来，而且声音越来越大。由于国内许多复混肥企业一直对实行复混肥生产企业办理登记收费不满，反对声从未间断。这一年，中国磷肥工业协会再次向有关部门建议取消《办法》。协会认为“肥料登记”的核心其实就是收费，很难做到公平、公正。在肥料登记制度实行以来，《办法》的初衷并没有实现，市场上假、冒、伪、劣产品并未减少。相反，企业与“多头执法”、“层层交费”的剧烈矛盾不断增加，而在利益转移的链条中，农民没有得到任何好处。为了中国化肥产业稳健发展，更为了中国农业增产，农民持续增收，因而有关人士再次建议取消《办法》。
十几年后，河北省的破冰之举令很多曾经参与过肥料登记制度讨论的相关人士感叹万千。现任中国磷肥工业协会名誉理事长的武希彦当时就曾反对过此办法的实施。他表示，磷肥工业协会坚决反对肥料登记制度，这为很多企业带来负担：第一，产品有国家建立的强制标准；第二，生产企业有国家相关部门颁发的生产许可证，而且登记办法完全违背了国家推广“测土配方”的大方向和“大配方小调整”的原则，差一个含量就要重新登记的办法，导致很多企业需要登记上百个配方品种，多花钱不说，还耗费大量的时间和精力。现在企业的规模越来越大，所涉及的省份地区、植物品种、土壤结构不同，还需要调整大量的配方，如此一来企业更是头疼，所以说河北省的做法是对的。
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